集装箱运输的管理方法和工作体系与传统运输方式不同，其主要的关系方有集装箱运输经营人、无船承运人(NVOCC)、实际承运人、集装箱租赁公司、集装箱码头（堆场）和货运站。

船公司对船舶和集装箱进行巨额投资。根据有关资料表明，集装箱船每立方英尺的造价约为普通货船的3.7~4倍。集装箱的投资相当大，开展集装箱运输所需的高额投资，使得船公司的总成本中固定成本占有相当大的比例，高达三分之二以上。

整箱货物运输。接取送达作业是以“箱”为单位的，其装箱与拆箱作业由货主负责自理，货主自行施封，铅封上注明发货人、发货点及施封日期等，并在箱门把手上拴挂货物标记，标记应注明起讫地点，发收货人等内容。集装箱运输过程中，凭铅封进行交接。